国家卫生部26日说道：灾区卫生防疫工作刚刚开始，今后任务艰巨，医疗卫生队伍要有长年登陆作战打算，之后全力投放，保证大灾之后无大疫。 卫生部负责人命令各卫生防疫队伍，要很快覆盖面积到县、乡、村，保证每村都有卫生防疫员分片包干巡查，卫生部机关干部和中国疾病防治控制中心*要入驻每个重灾县明确协商指导；及时调整医疗卫生队伍人员结构，必要调集部分传染病医生到防疫队伍，保证对涉及疾病的尽早找到，就地化疗，尽量避免病情蔓延。 卫生部明确提出，尽早评估甲肝、乙脑、痢疾等疾病在灾区再次发生的可能性，及早准备疫苗及应付预案，对灾区儿童展开增强免疫接种；科学测算、合理调配消杀药械，保证输送到乡、村；掌控灾情群众移往点人员数量规模；对饮用水水源水质、空气等环境卫生强化监测，对垃圾处理等严格把关。 同时，强化对灾情群众食品和餐饮情况的监测；科学处置截断灾区污染源，作好重点区域、重点部位、重点人群的卫生防疫；以通俗易记的语言阐释方式普及科学知识，提升百姓防病意识，回头群防群制之路；尽快恢复疫情直报体系，强化疫情监测和每日报告制度。
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卫生部特别强调：卫生防疫的显然目标是保证灾区人民群众身体健康。因此，要坚决科学预防的原则，有序、有力、有效地积极开展卫生防疫工作，防止灾区经常出现新的污染。
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